@article { author = {jahangirzadeh khiavi, shahin and Ashourpour, Masoumeh and KESHAVARZI, shabnaz}, title = {Studying of chloroplast diversity in some apple genotypes from North-West of Iran in comparison of some Alborz genotypes, commercial cultivars and rootstocks}, journal = {Journal of Plant Production Research}, volume = {25}, number = {2}, pages = {1-15}, year = {2018}, publisher = {Gorgan University Of Agricultural Sciences and Natural Resources}, issn = {2322-2050}, eissn = {2322-2778}, doi = {10.22069/jopp.2018.9335.2202}, abstract = {Background and objectives: Apple is one of the most important fruit products in temperate regions. The cultivation of this product has been done during a very long time in Iran and even according to some resources; Iran has been called as one of the hometowns of this plant. The most basic step in breeding programs for fruit trees is collecting and evaluating internal and external germplasm resources. Nowadays considering the importance of healthy eating and sustainable production of apple with higher quality, modifying apple trees, is essentially based on “resistance genes”. Given that most apple varieties are being propagated asexually, low genetic diversity is expected. But among genotypes that are the result of the upgrade, expected diversity increases because these genotypes are mostly seed progenies. In this study we have tried to evaluate the genetic diversity of organelles of some local genotypes of apple cultivated on the main cultivation areas in North West of Iran and Central Alborz and compare them with two commercial cultivars (Red Delicious and Fuji) and also M4 and M9. Materials and Methods: For this investigation, young, fully developed leaves were sampled, their DNA genomes were extracted. In order to evaluate organelles diversity, 30 apples, four pairs of specific primers for the chloroplast genome (K1K2, CS, HK and TF) and two restriction enzymes (EcoRI and MseI) in Cleaved Amplified Polymorphic Sequences (CAPS) method were used. NTSYS and POPGENE were used for data analysis. Results: Among these four markers, three markers have the ability to amplify appropriately, in which 4.13% of apple chloroplast genomes were amplified. By haplotype examination of samples, a total of eight haplotypes were identified which among them, H4 was the largest group with 26.66 percent of the total samples. All this groupings have been created due to the occurrence of mutations and/or deletions. Mean of genetic variation within (HS), Total (HT) and degree of genetic differentiations (GST) were 0.4451, 0.467 and 0.0481, respectively. Conclusion: The results showed that there is no systematic genetic structure between samples of studied regions. These results also confirmed the possibility of applying Cleaved Amplified Polymorphic Sequences (CAPS) method to identify genotypes and varieties of apples. Using these markers, genetic diversity in organelle DNA was observed amongst apple genotypes, however, this variation was not able to separate the genotypes in different regions. It seems perhaps by increasing the number of primers and restriction enzymes, this distinction can be achieved. The results of this study showed that native apple genotypes in Iran, posses high genetic diversity due to sexual reproduction in the past.}, keywords = {Malus,haplotype,Cleaved Amplified Polymorphic Sequences (CAPS),general primer chloroplasts,restriction enzymes}, title_fa = {مطالعه تنوع کلروپلاستی برخی ژنوتیپ‌های سیب شمال غرب ایران در مقایسه با برخی ژنوتیپ‌های البرز مرکزی، ارقام و پایه‌های تجاری}, abstract_fa = {سابقه و هدف: سیب یکی از مهم‌ترین محصولات میوه‌ای مناطق معتدله می‌باشد. کشت و کار این محصول از زمان‌های بسیار دور در ایران انجام می‌شد و حتی برخی منابع، ایران را یکی از زادگاه‌های این گیاه نامیده‌اند. جمع‌آوری و ارزیابی ذخایر ژرم پلاسم داخلی و خارجی، اساسی‌ترین مرحله در برنامه‌های بهنژادی درختان میوه می‌باشد. اصلاح درختان سیب، امروزه با توجه به اهمیت تغذیه سالم و تولید پایدار میوه با کیفیت بیشتر سیب، بر پایه ژن‌های مقاومت می‌باشد. با توجه به اینکه اکثر واریته‌های سیب به صورت رویشی تکثیر می‌گردند، تنوع ژنتیکی کمی مورد انتظار می‌باشد؛ اما در مورد ژنوتیپ‌های بومی که حاصل انتخاب ویژگی‌های برتر می‌باشند، این تنوع مورد انتظار افزایش می‌یابد زیرا این ژنوتیپ‌ها اکثراً نتاج بذری می‌باشند. در این تحقیق سعی شده است نسبت به بررسی تنوع ژنتیکی اندامکی برخی ژنوتیپ‌های بومی سیب مربوط به مناطق کاشت عمده این محصول در شمال غرب ایران و البرز مرکزی و مقایسه آن‌ها با دو رقم تجاری رد دلیشز و فوجی و دو پایه M4 و M9، اقدام گردد. مواد و روش‌ها: به‌منظور انجام این تحقیق، نمونه‌برداری از برگ‌های جوان و کاملاً توسعه یافته صورت گرفت و DNA ژنومی آن‌ها استخراج شد. برای بررسی تنوع اندامکی، 30 نمونه سیب، چهار جفت آغازگر اختصاصی برای ژنوم کلروپلاست (K1K2، CS، HK و TF) و دو آنزیم برشی (EcoRI و MseI) در روش چندشکلی شکافتن قطعات تکثیر شده (CAP) بکار برده شد. برنامه‌های NTSYS و POPGENE برای آنالیز داده‌ها، مورد استفاده قرار گرفتند. یافته‌ها: از بین این چهار نشانگر بکار برده شده، سه نشانگر دارای قدرت تکثیر مناسب بودند که در کل، 13/4 درصد کل ژنوم کلروپلاست سیب را تکثیر نمودند. با بررسی هاپلوتایپی نمونه‌ها، در مجموع هشت هاپلوتایپ شناسایی شد که هاپلوتایپ H4 با پوشش 66/26 درصد از کل نمونه‌ها، بزرگترین گروه بود. تمام این گروه‌بندی‌ها به دلیل رخ دادن جهش‌‌های حذف و اضافه ایجاد شده بود. حداکثر تنوع ژنتیکی (Ht)، میانگین تنوع بین جمعیتی (Hs) و تفاوت ژنتیکی بین جمعیت‌ها (Gstc) به ترتیب 467/0، 4451/0 و 0481/0 بدست آمد. نتیجه‌گیری: نتایج این بررسی نشان داد که هیچ‌گونه ساختار ژنتیکی مدونی مابین نمونه‌های مناطق مورد بررسی وجود ندارد؛ همچنین این نتایج تأیید نمودند که امکان کاربرد روش چندشکلی شکافتن قطعات تکثیر شده برای شناسایی ژنوتیپ‌های سیب و ارقام آن وجود دارد. با استفاده از این نشانگرها، تنوع ژنتیکی در DNA اندامکی بین ژنوتیپ‌های سیب مشاهده شد اما این تنوع به‌گونه‌ای نبود که قادر باشد ژنوتیپ‌‌های مناطق مختلف را از هم منفک نماید. به نظر می‌رسد شاید با افزایش تعداد آغازگرها و آنزیم‌های برشی، بتوان به این تفکیک دست‌یافت. همچنین نتایج این بررسی نشان داد که ژنوتیپ‌های سیب بومی ایران به دلیل آنکه اکثراً درگذشته به‌صورت جنسی تکثیر شده‌اند، دارای تنوع ژنتیکی بالایی می‌باشند.}, keywords_fa = {Malus,هاپلوتایپ,چندشکلی شکافتن قطعات تکثیرشده (CAP),پرایمر عمومی کلروپلاست,آنزیم برشی}, url = {https://jopp.gau.ac.ir/article_4251.html}, eprint = {https://jopp.gau.ac.ir/article_4251_add5ad02dd7cddbececeaceca1b09791.pdf} }