بررسی چندشکلی ژنوتیپ‌های مرکبات با استفاده از نشانگر مولکولی رپید

نوع مقاله: پژوهشی

نویسندگان

1 دانشگاه علوم کشاورزی و منابع طبیعی ساری

2 دانشگاه علوم کشاورزی و منابع طبیعی ساری

3 موسسه تحقیقات مرکبات رامسر

چکیده

شناسایی تنوع ژنتیکی و روابط خویشاوندی، برای دست‌یابی به ارقام مطلوب در مرکبات مهم و ضروری است. در این پژوهش از نشانگرRAPD جهت تعیین تنوع ژنتیکی میان 29 ژنوتیپ مرکبات استفاده شد. 19 آغاز‌گر استفاده شده تعداد 248 باند چند شکل ایجاد گردید که بیشترین باند تکثیر شده 19 عدد و مربوط به آغازگر OPA-07 بود، در حالیکه آغازگر 05-OPA با هشت باند کمترین قطعات چندشکل را نشان داد. متوسط تعداد باند چند‌‌‌‌شکل برای هر آغازگر 13 باند بر‌آورد گردید. آنالیز داده‌ها توسط نرم افزار NTsys با استفاده از ضریب تشابه جاکارد، میزان تشابه محاسبه شده بر اساس باندهای چند‌شکل را در دامنه‌ای از 14/0 تا 97/0 با میانگین تشابه 62/0 نشان داد. تجزیه خوشه‌ای بر پایه ماتریس تشابه جاکارد و با روش UPGMA صورت گرفت. بر اساس تجزیه‌ خوشه ای، در ضریب تشابه 49/0 ژنوتیپ‌های مرکبات مورد مطالعه به پنج گروه تقسیم شدند. بر اساس ماتریس تشابه، کمترین شباهت (14/0) مربوط به دو ژنوتیپ پوملو و نارنگی محلی و بیشترین شباهت (97/0) مربوط به دو تیپ طبیعی ناشناخته G74 وG73 بود. با بررسی دندروگرام نشان داده شد که پوملو و نارنگی به عنوان گونه‌های حقیقی مرکبات در خوشه‌های مجزا قرار دارند. تعیین تنوع‌ ژنتیکی در مرکبات، اطلاعات مفیدی را برای برنامه‌های به‌نژادی، انتخاب و حفظ ارقام فراهم می کند.

کلیدواژه‌ها

موضوعات


عنوان مقاله [English]

Assessment of Polymorphism in Citrus Genotypes Using RAPD Molecular Markers

چکیده [English]

It is important to identify the genetic diversity and phylogenic relationships for achieving desirable citrus cultivars. In present investigation RAPD markers were used to determine genetic diversity among 29 citrus genotypes. From 19 used primers, 248 polymorphic bands were amplified. Primers OPA-07 and OPA-05 (with 19 and 8 amplified bands), produced maximum and minimum polymorphic bands, respectively. The average number of polymorphic bands was estimated as 13 for each primer. Similarity among samples was calculated using NTsys software and Jaccard coefficient. Rang of similarity was 0.14-0.97 based on polymorphic bands with average of 0.62. Cluster analysis has been done based on Jaccard's similarity matrix and the UPGMA method. Cluster analysis has divided citrus genotypes into five separate groups. According to the similarity matrix results, the lowest similarity (0.14) was belonged to local mandarin and Pommelo and the highest similarity (0.97) was belonged to unknown natural types G74 and G73. In current research Pommelo and mandarin confirmed as true species of citrus in distinct cluster. Determination of genetic diversity in citrus provides useful information for breeding programs, selection and improving cultivars.

کلیدواژه‌ها [English]

  • Citrus
  • Cluster analysis
  • genetic diversity
  • RAPD
  • similarity matrix